פקקי שעם מיוצרים מקליפת השעם החיצונית של עץ אלון Quercus suber, עץ אלון מקומי הגדל באזור הים התיכון. קליפה זו ניתנת לקילוף מבלי לפגוע בפעילות העץ והתפתחותו. טיב קליפת השעם תלוי בתנאי הגידול ובגיל העץ, כאשר הקליפות הטובות ביותר עשויות שעם יחסית צפוף, שהתפתח באיטיות בתנאים אחידים של משטר מים ואקלים. רוב פקקי השעם הטבעי מיוצרים בחצי האי האיברי, ובעיקר בפורטוגל.
הקליפה נקצרת כל תשע שנים מעצים בוגרים בין החודשים יוני לאוגוסט. עץ השעם, לאחר שיושן, טופל ונוקה, נפרס בחתכים לכיוון האורך ומחורר במקביל לציר גזע העץ (ראו שרטוט). לאחר מכן, הפקקים עוברים יישור (שיוף), שטיפה באמצעות מי חמצן (להלבנתם), מיון לפי דירוגים ויזואליים, ונארזים בשקיות בכמויות של בדרך כלל 1,000 פקקים (חבילת פקקים). לאחר מכן, הפקקים מיוצאים לאזורי ייצור יין ברחבי העולם, שם הם מודפסים, ומטופלים (בדרך כלל עם פרפין וסיליקון).